游戏开始时，玩家需从妙蛙种子、杰尼龟和小火龙中选择初始宝可梦，三者各有优势：妙蛙种子擅长防御与恢复，杰尼龟耐久性强且水系技能实用，小火龙则以高攻击和速度见长。选择后需熟悉基础操作，如保存进度、查看菜单及战斗界面。建议优先提升初始宝可梦等级，通过常磐森林的野生战斗积累经验，并合理利用伤药等道具维持状态。初期捕捉绿毛虫或独角虫可快速进化成巴大蝴，其催眠粉与麻痹粉对后续捕捉神兽有显著帮助。
首个岩石系道馆馆主小刚的小拳石与穿山鼠对火系宝可梦克制明显，建议携带水系或草系技能应对。华蓝市水系道馆需注意宝石海星的极巨化能力，电系道馆则需破解垃圾桶机关并防范雷丘的高电压攻击。每场道馆战前需确保队伍等级达标，并针对馆主属性调整阵容。击败馆主后获得的徽章不仅能提升宝可梦控制力，还可解锁冲浪、闪光等关键技能，用于探索隐藏区域。
特殊道具与隐藏要素的收集直接影响通关效率。月见山化石二选一（镰刀盔或菊石兽）需根据队伍需求决定，正辉赠送的船票可解锁枯叶市圣安奴号剧情。游戏中期务必取得跑鞋、钓竿及学习装置，以提升移动效率与经验分配。隐藏洞穴中的Z纯晶和霸主宝可梦能提供额外战力，而火箭队基地的剧情线则关联关键道具如观测镜。注意定期检查背包，避免遗漏重要物品。
